維吾爾藥是維吾爾醫防病治病的物質基礎，也是能否保證維吾爾醫療效的重要標志。豐富的天然資源又是維吾爾藥材的主要來源。維吾爾藥自我國秦漢以來，經歷代醫藥學家深入研究，不斷增補和完善，據文獻資料記載的就有1000多種植物、動物、礦物藥材，其中最常用的有450余種。維吾爾醫藥與我國漢族中醫藥、占埃及、印度、古希臘、古羅馬、阿拉伯、波斯等國的醫藥學又有著密切的聯系，因此，維吾爾藥資源具有在北非、南歐(地中海)、亞熱帶及北溫帶分布的規律。我國新疆屬北溫帶地區，藥材資源有：
一、植物類藥材
1、野生類有：阿魏、鎖陽、大蕓、雪蓮、甘草、貝母、麻黃、紫草、菊苣、阿里紅、毒參、藏茴香、刺山柑、園柏、歐洲鱗毛蕨、華松羅、旱梅衣、石花、車前、天仙子、菟絲子、千葉蓍、茵陳、一支蒿、牛至、駱駝蓬、刺糖、心草、藥蜀葵、睡蓮、水菖蒲、茜草等約70種。
2、栽培的種類有：小茴香、孜然、洋茴香、阿育魏、芹菜、蒔羅、黑種草、草紅花、西紅花、芫荽、羅勒、藥西瓜、菘蘭、玫瑰花、薄菏、巴旦杏等30多種。
二、動物類藥材
海貍香、羚羊角、牛黃、鹿角、鹿茸、熊膽、雪雞、環頸雉、沙雞、蝮蛇、鬣晰、湖蛙、龍虱、家蟋蟀、全蝎等30多種。
三、礦物藥類
大青鹽、水銀、朱砂、石膏、白礬、硇砂、密陀僧、瑪瑙、滑石、硼砂、磁石、雌黃等約20種，合計150多種，約占維吾爾醫常用藥材的30％。
內地維吾爾藥材資源主要分布在我國長江以南的廣東、廣西、福建、臺灣、海南、云南、四川、江蘇、浙江等省區。這些省區屬熱帶、亞熱帶地區，主要有黑胡椒、白胡椒、蓽茇、訶子、阿勃勒、余甘子、干姜、姜黃、莪術、蓽澄茄、沉香、西谷米、檸檬、枸櫞、椰子、香茅、巴豆、馬錢子、肉豆蔻、檳榔、草果、丁香、苦楝子、肉桂、高良姜、土茯苓、骨碎補、大黃、黃連、木香、香附等180多種，約占常用藥材的40％。
維吾爾藥材在國外主要分布于北非的埃及、南歐(地中海一帶)、亞洲阿拉伯半島、伊朗、中亞、印度、巴基斯坦等國家和地區。主要藥材有：安息香、蘇合香、香沒藥樹、洋橄欖、血竭、乳香、沒藥、沒食子、馬錢子、沉香、海蔥、茄參、蜜蜂花、海貍香、龍涎香、洋乳香、漿果紅豆杉、破布木果、洋菝葜、藥喇叭根、番瀉葉、歐細辛、檀香、西青果、沙龍子、歐當歸、印度當藥、西黃芪膠、非洲醉茄、亞麻車前、尤太石等150多種，約占維吾爾醫常用藥材的30％。
