據有關歷史資料表明，藏醫藥有近2000年的歷史。公元前3世紀，藏族就有了“有毒必有藥”的哲理性論據，這概念充分說明了在此以前青藏高原已初步形成了起居、飲食、保健等原始醫療體系，當時雖然沒有形成完整的醫學理論體系，但已有放血、火灸、涂摩，用酥油溶液來止血、用青稞糟來治療外傷等簡易的治療方法。
到了公元7世紀，藏王松贊干布統一青藏高原，建立強盛的吐蕃王朝，并邀請周邊其它民族的醫學專家和譯師專家，配合西藏的醫學專家，吸收了印度醫學和漢族中醫藥的精華，整理和編著了哲學、佛學、醫學等各學科的經典著作，其中有關醫學方面的有《醫學大全》、《無畏的武器》、《月王藥診》、《四部醫典》等經典醫著，促進了藏醫藥學的發展，給人體生理、病理、病因機制、診斷、治療等方面奠定了堅實的理論基礎。
到了公元1450年左右，藏醫對藥物的識辨及對《四部醫典》的某些理論領域有異見的兩大學派即南派和北派學術爭鳴的出現，標志著藏醫藥學發展到一個新的階段。公元1600—1959年間，藏醫藥穩步發展，沒有出現活躍的局面。
西藏和平解放后，黨和國家重視民族醫藥的發展，在西藏、青海、甘肅、四川等地建立了藏醫藥機構，逐步走向正軌。特別是黨的十一屆三中全會以來，藏醫藥事業得到了前所未有的發展，西藏和青海分別成立了省級藏醫院和藏藥生產基地，即西藏自治區藏藥廠和青海藏藥制劑中心，四川、甘肅以及西藏、青海等地、市、州里成立了地級藏醫醫療機構，部分縣里也成立了相應的藏醫機構，西藏醫藥走向規范化、科學化。
